納保法條文未能落實保障納稅者權益，究竟是要保護納稅者的權利？還是要保護課稅者的權力？受到民間機構關切。新世代金融基金會指出納保法有五大爭議點，包括無理由稅單、未配合查稅可處罰、法令滾動檢討太慢、母法未列入解釋範圍與追稅時限15年過長。財政部提出四點回應。
 
　　(一)為使納稅者知悉核課及罰鍰處分內容及理由，俾保障其行政救濟權利，現行稅捐稽徵機關對於作成核課及罰鍰處分，均依行政程序法第96條第1項第2款記載事實及理由。另地價稅、房屋稅等依稅籍底冊開徵之稅捐部分，依開徵當時情況，行政行為本身已足以表明其理由，且係透過電腦核定及開徵，正確性高，爰記載課稅現值、稅率及稅額計算方式等。查現行地價稅單及房屋稅單均有載明稅額計算方式及告知納稅者如需課稅明細表，地價稅可至該部稅務入口網（網址：https://www.etax.nat.gov.tw）、房屋稅可至地方稅網路申報作業網站（網址：https://net.tax.nat.gov.tw），或逕向房地所在地稽徵機關申請。

　　(二)為適時檢討不合時宜之解釋函令，該部已隨時透過蒐集納稅者、相關機關、公會、團體及學者專家等外界意見與建言、立法委員提案、行政法院判決撤銷及法令研審等多元方式，滾動檢視解釋函令合法性，並非每4年始行檢討；另稅捐稽徵機關平時就個案發現解釋函令不合時宜或發生適用疑義，亦適時報請該部審視檢討，以符法制。

　　(三)納稅者協力義務之違反，僅係降低稅捐稽徵機關應負擔證明程度，尚不發生舉證責任轉換效果，稅捐稽徵機關就處罰要件事實，仍應負舉證責任。納稅者未盡協力義務時，尚不得逕為推計課稅處罰之依據，仍應視納稅者申報情形，按具體個案事實及證據判斷有無逃漏稅捐之情事。

　　(四)納保法第21條第1項規定，行政救濟由過去爭點主義改採總額主義，允許納稅者於訴願審議委員會決議前或行政訴訟事實審言詞辯論終結前，得追加或變更主張課稅處分違法事由，恐因擴大審理範圍，致訴訟延宕。為避免取巧之納稅者藉由不履行協力義務及提起行政救濟，故意拖延爭訟期間，規避稅捐繳納，相較大部分依法如期繳稅之納稅者，顯失公平，爰將不得再行核課期間規定為15年。以最近實務發生案件為例，納稅者為混淆行政救濟機關對查獲漏報所得之歸屬年度，利用偽造買賣契約書及虛偽陳述之方式，於行政救濟各階段說詞反覆，致課稅處分多次遭到行政法院撤銷，迄今歷時12年有餘，倘規定不得再行核課期間規定為8年，恐有違公平合理課稅。